İlçenin M.Ö. 600 yıllarında kurulduğu sanılmaktadır. Şehrin eski adı Germanikopolis'tir. İlçeyi ilk kuranların Gaşkalar olduğu tahmin edilmektedir. Boyabat, boy ve abat kelimelerinden meydana gelmiştir. Boy, uzunluk ya da kabile, soy, aşiret; abat, mağrur, imar edilmiş anlamına gelmektedir. Bir başka söylentiye göre de "uzun ova" anlamı verilir. Boyabat sırasıyla Gaşka, Hitit, Paflagonya, Lidya, Pers, Makedonya, Roma, Bizans egemenliklerine girmiştir. Boyabat yöresi Danişment hükümdarı Gümüş Tegin tarafından Türk İdaresine katılmış, Selçuklu, Candaroğulları dönemlerinden sonra nihayet 1461 yılında Fatih Sultan Mehmet döneminde Osmanlı hâkimiyetine girmiştir. İlçe, Osmanlı zamanında Kastamonu Sancağına bağlı bir kadılıktır. Tanzimat devrinde Boyabat nahiyeye çevrilmiş, 1868 yılında da kaza yapılmıştır. İlçede Osmanlı Devleti'nden kalma birçok eser vardır. Akmescit Camii, şu anda harebe halinde olan Çay Mahallesindeki Medrese, Daylı Türbesi, AşıklıTekke Türbesi, Büyük Cami, Bekir Paşa Su Kanalı vs. İlçe Cumhuriyet döneminde Sinop iline bağlı bir ilçe olurken gelişmesini de hızla sürdürmektedir.